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微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

2019年3月25日 - 微生物

二〇一七年1三月二十八日,核酸商量(Nucleic Acids
Research)杂志上,在线发布了三个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库
4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+;可实现基因组与基因组之间的相干原始产物合成基因簇的查询和展望。

 

医疗上使用的大多数抗生素和药品均来源于植物或微生物的原状产物。结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和讲述基于宏基因组的纯天然产物途径,该进度与商量结果是天生产物研讨领域中在近二十年来比较立异的技能。为使该技能能为越来越常见的研讨者使用,许多规范的软件被确立。antiSMASH自二零零六年盛开以来,在次生代谢物基因组挖掘上带来了首要的熏陶。然则,antiSMASH只好分析多个(单独的)基因组来开始展览基因组挖掘,它不能够提供基因组之间的接力或相互连接的功效关系。因而,研讨者在篇章中确立了antiSMASH数据库,该数据库包涵了具有NCBI
GenBank数据库上发布了(截至至二〇一四年11月2二十二3日)的可用的细菌基因组消息(3907浮游生物物种的8883条消息)。

 

antiSMASH数据库能为钻探者提供二个使用方便、注释了的古生物合成基因簇最新集合,能够让商量者在提供复杂的题材之后轻松地开始展览基因组之间的剖析。作者在小说中提供了antiSMASH的相关网站消息,并在实例中以链霉菌中核糖体合成并举办转录后翻译且不是lantipeptides的基因簇举行搜寻,为读者提供了直观的介绍。

 

# 官方主页

http://antismash.secondarymetabolites.org/

# 直接解析NCBI的基因组编号 

  1. 访问NCBI主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

  2. 检查某细菌:类型选用“Genome”,检索根癌农球菌 “ Agrobacterium
    tumefaciens LBCamry213
    ”,能够找到唯一结果会协调打开,页面为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Agrobacterium+tumefaciens+LBA4213

3.
找ID:页面中并未基因组系列的ID,点击genome链接会下载该基因组,右键复制链接中总结其ID,如此链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/576/515/GCF_000576515.1_ASM57651v1/GCF_000576515.1_ASM57651v1_genomic.fna.gz
其中的” CF_000576515.1 “即为NCBI ID

  1. 在Antismach主页中找NCBI acc #处,填写NCBI ID,点Submit提交即伊始运维

 

微生物,上传有些新细菌基因组

访问 http://www.at-sphere.com/,那里有几百个新测序的细菌基因组;

点击右边 assemblies 链接,会现出细菌列表;

我们下载Leaf1

解压后为.fna的fasta文件

AntiSmach页面选用Upload file

直白选拔上传文件,并submit即可

 

全基因组注释,运营时刻会很久,职责也恐怕撤消,要求等很久。也得以协调安装软件的地头版,在本地总计结果

 

结果注脚

微生物 1

上航海用体育场所为本人分析的AT-Sphere中根际Root107编号菌基因组的结果

  1. Select Gene
    Cluster为找到的基因簇的列表,共有9二个,在那之中高亮的有次级代谢产物相关,灰度一般为底蕴代谢物,如糖、脂等; 

  2. Identified 上面为详细的列表; 

  3. 点击上方簇编号可看到种种簇的详实结构和基因注释; 

微生物 2

有基因结果图,种种基因注释,能够鼠标悬停展现,上边还有类似的细菌基因结构

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